根据《中华人民共和国劳动法》《劳动合同法》及相关司法解释，企业在制定纪律处罚制度时需严格遵循法律要求。针对罚款方式的合法性，需从以下几个方面分析：

一、法律依据与限制
《劳动合同法》第四条规定，用人单位应依法建立规章制度，但未直接授权企业对员工进行罚款。原《企业职工奖惩条例》（已废止）曾允许在特定情况下罚款，但现行法律体系下，企业无权对员工实施经济处罚，除非员工行为对企业造成直接经济损失。

二、罚款的合法性边界

1. 合法情形：若员工因故意或重大过失导致企业直接经济损失（如违反操作规程造成设备损坏），企业可依据劳动合同约定或合法规章制度要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工工资的20%，且扣除后余额不得低于当地最低工资标准。
2. 违法情形：企业对迟到、早退、工作失误等行为直接罚款，或设置普遍性罚款条款（如“未完成绩效扣款”），均涉嫌违法。此类处罚实质是克扣工资，违反《劳动法》第五十条关于工资全额支付的规定。

三、企业合规建议

1. 转换管理方式：将罚款改为绩效考核、奖金浮动等合法激励手段，通过正向引导替代惩罚。
2. 完善制度程序：规章制度需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示告知，内容不得违反法律强制性规定。
3. 注重证据留存：对员工过失行为需保留书面记录，经济损失需有明确证据链。

四、员工维权途径
若企业罚款制度涉嫌违法，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁要求返还罚款。司法机关在裁判中通常认定：企业以管理之名行罚款之实的行为无效。

综上，公司纪律处罚制度若包含直接罚款条款，大概率违反劳动法。建议企业依托法律框架重构管理制度，既可规范员工行为，又能规避法律风险。